直到姚广孝奉旨主持编纂《永乐大典》才离开了潭柘寺，其在潭柘寺隐居修行时的住所少师静室至今犹存遗址。后来，明清两代皇帝多次拨款对潭柘寺进行修缮。康熙三十六年，康熙皇帝赐寺名为“敕建岫云禅寺”，并亲笔题写了寺额；从此潭柘寺就成为北京地区最大的一座皇家寺院，不光喜欢到处游玩儿的乾隆来过，就连一向深居简出的雍正也曾专程到此进香礼佛。因为寺后有龙潭，山上有柘树，故民间一直称为潭柘寺。
1929年，蒋介石来北京时也曾专程到潭柘寺进香。解放后，朱德委员长、陈毅副总理先后到潭柘寺视察参观。1964年，全国政协委员、末代皇帝溥仪也来到寺参观考察。文革期间的潭柘寺受到了空前的浩劫，文物遭到了毁坏和流失，建筑也受到了损坏，1968年底被迫关闭。1978年北京市政府拨款重修，1980年8月1日再次开放，如今是全国重点文物保护单位。
关于先有潭柘寺、后有北京城这句话的由来，第一当然是因为年代，晋唐时期修建潭柘寺的时候，北京还叫幽州、不叫北京；而现在常说的、所谓的老北京，实际是指明清北京城，也就六百多年历史。从时间上来说，潭柘寺确实比北京城早了很多。但是，北京地区的古迹甚多，早于明朝的也不止潭柘寺，所以还有其他原因。明初永乐迁都时，设计北京城的就是姚广孝，而他的设计灵感就来源于潭柘寺，许多地方都是依照潭柘寺的样子修建的。
尤其是皇宫，许多建筑都借鉴了潭柘寺的风格，皇宫中的核心建筑：太和殿，就是仿照潭柘寺大雄宝殿而建的，同为重檐庑殿顶，井口天花绘金龙和玺；不信您可以去看看，二者“长得”几乎一模一样，只是太和殿更高大一些。再有就是源于一段民间故事：传说姚广孝修北京城时惹恼了幽州龙王，龙王一家出来捣乱，被姚广孝制服之后镇在北新桥下的锁龙井中（这个故事大家耳熟能详，也有一说是刘伯温）。
然后还在潭柘寺大殿用一支箭作梁，箭头遥指龙王咽喉，用以镇压。但龙王始终不服，扬言有朝一日打破封印，必要“火烧潭柘寺，水淹北京城”。于是姚广孝又在潭柘寺里建了个大烟囱，亲手在上面刻了“潭柘寺”三个大字，并在北京城的后门桥下刻了“北京城”三个字。潭柘寺的和尚每天做饭烧水，大烟囱底下总有火在烧，而后门桥下的河水也时常没过北京城三个字，由此便打破了“火烧潭柘寺，水淹北京城”的谶语，永保北京城的平安。
据说为让那支箭在高处镇住恶龙，就连皇宫都比潭柘寺大殿的大梁低了一寸。虽然是传说，但“先有潭柘寺，后有北京城”这句话的由来，于此也不无关系。
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